Il percorso espositivo si articola in cinque sale dedicate a varie tematiche inerenti l'antico centro etrusco e gli insediamenti limitrofi, che vanno dall'Età del Ferro fino all'epoca tardo antica (III-VI secolo d.C.) ed oltre.
Di notevole importanza il deposito di Brolio e di Montecchio, i resti della copertura del santuario etrusco rinvenuto nell’area del Cassero e le testimonianze provenienti dal sito etrusco di Brolio Melmone, centro di produzione e di commercio lungo il Clanis (l'antico fiume Chiana). L’esposizione si caratterizza per il moderno impianto informatico e didattico e per i numerosi supporti multimediali.
Dal 2008 il museo si è arricchito della sezione medievale, che completa il percorso storico-archeologico del paese. La sala espositiva presenta una vasta gamma di materiali databili a partire dal IX secolo, tra cui pregiate maioliche arcaiche e rinascimentali. L’esposizione è corredata da pannelli esplicativi, che dedicano particolare attenzione alla fitta rete di castelli, pievi e monasteri che ha connotato in maniera incisiva il territorio castiglionese.

L'entrata del Museo è raggiungibile a piedi da piazza del Municipio, dopo una breve salita, ed è posta all'interno dell'area del Cassero, con il Piazzale e l'omonima Torre del '300. E' dotata di ascensore per l'accesso ai vari piani su cui si sviluppa il Sistema Museale, che comprende il Percorso Archeologico Sotterraneo, il Museo Archeologico con reperti etruschi, il Fondo Antico e la Pinacoteca.

Gli orari di apertura variano dal periodo primaverile-estivo a quello autunnale-invernale, prenotare una visita (gratuita) al numero +39 0575 659457 è il modo migliore per godersi l'esposizione.